基础产业投资关键的问题是投资和经营方式，它不仅直接关系到投资效率，还决定着投资的资金来源。值得注意的是，不同的投资、经营方式，实际上意味着有不同的成本补偿方式。从各国的实践来看，投资方式主要有: 直接投资，无偿提供 即政府直接进行基础设施投资，免费向公众提供，政府承担全部的成本。这是基本的也是传统的一种政府投资方式。它适宜于那些公众普遍受益，且受益额大体相等的基础设施项目。
这时，政府实际上是依靠税收融资。 直接投资，非商业性经营 即政府直接投资，由政府所属的特定的公共部门进行非商业性经营。所谓非商业性经营，即不以营利为目的。经营主体向使用者收取等于或小于经营成本的费用。这种方式适宜于那些公众普遍受益、但受益额不同，具有排他性但又不宜由私人部门经营的基础设施项目。这时项目成本补偿实际有两种方式:税收和使用费。
间接投资，商业经营 即政府只提供投资贷款，由私人部门按商业方式投资和经营。它适宜于那些受益对象不够普遍、具有排他性且适宜私人部门经营的一般性基础设施和基础工业项目。这时，项目成本补偿实际来源于提供项目服务的价格。 除了以上几种基本方式以外，在实践中，基础产业还有许多其他的组合投资、经营方式，如BOT、政府投融资等。
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